根據預算管理方式不同，自然科學基金項目資金管理分為包干制和預算制。
2021年起新批準的青年科學基金項目、優秀青年科學基金項目、2019年起獲批的國家杰出青年科學基金項目。
面上項目、重點項目、重大項目、重大研究計劃項目、地區科學基金項目、創新研究群體項目、基礎科學中心項目、國際（地區）合作研究項目、國際（地區）合作交流項目、外國學者研究基金項目、聯合基金項目、專項項目、數學天元基金項目、國家重大科研儀器研制項目。
【資金管理】預算制項目中哪些直接費用需要提供說明或明細？
直接費用中除50萬元以上的設備費外，其他費用只提供基本測算說明，不需要提供明細。
在項目實施過程中購置或試制專用儀器設備，對現有儀器設備進行升級改造，以及租賃外單位儀器設備而發生的費用。計算類儀器設備和軟件工具可在設備費科目列支。應當嚴格控制設備購置，鼓勵開放共享、自主研制、租賃專用儀器設備以及對現有儀器設備進行升級改造，避免重復購置。
在項目實施過程中消耗的各種材料、輔助材料等低值易耗品的采購、運輸、裝卸、整理等費用，發生的測試化驗加工、燃料動力、出版/文獻/信息傳播/知識產權事務、會議/差旅/國際合作交流等費用，以及其他相關支出。
【資金管理】勞務費的發放對象？項目聘用人員的勞務費開支標準和開支范圍？
勞務費的發放對象為參與項目研究的研究生、博士后、訪問學者，或項目聘用的研究人員、科研輔助人員等，以及臨時聘請的咨詢專家（參與本項目及所屬課題研究和管理的相關人員除外）。
項目聘用人員的勞務費開支標準參照當地科學研究和技術服務業從業人員平均工資水平，根據其在項目研究中承擔的工作任務確定，其由單位繳納的社會保險補助、住房公積金等納入勞務費科目列支。支付給臨時聘請咨詢專家的費用按國家有關規定執行。
【資金管理】專家咨詢費能否用于支付參與本項目的人員費用？
不得支付給參與本項目及所屬課題研究和管理的相關人員，其管理按照國家有關規定執行。
依托單位在組織實施項目過程中發生的無法在直接費用中列支的相關費用。主要包括：依托單位為項目研究提供的房屋占用，日常水、電、氣、暖等消耗，有關管理費用的補助支出，以及激勵科研人員的績效支出等。
預算制項目負責人（或申請人）應當根據政策相符性、目標相關性和經濟合理性原則，合理編制項目收入預算和支出預算。
不需要，預算制項目負責人（或申請人）只編報直接費用預算，間接費用由自然科學基金委統一核定。
【預算編制】包干制和預算制項目在預算編制時分別需要填寫哪些表格？
預算制項目負責人（或申請人）應填寫《國家自然科學基金預算制項目預算表》和《預算說明書》。
預算評審應當按照規范的程序和要求，堅持獨立、客觀、公正、科學的原則，對項目申報預算的政策相符性、目標相關性和經濟合理性進行評審。不得將預算編制細致程度作為評審預算的因素，不得簡單按比例核減預算。
【預算編制】與國家自然科學基金項目預算編報相關的文件和規定有哪些？
《項目指南》、財政部 國家自然科學基金委員會關于印發《國家自然科學基金資助項目資金管理辦法》的通知(財教〔2021〕177號)、《國家自然科學基金預算制項目預算表編制說明》等。
【預算編制】有多個單位共同承擔的項目如何編制預算？
對于預算制項目，有多個單位共同承擔一個項目的，依托單位的項目負責人（或申請人）和合作研究單位參與者應當根據各自承擔的研究任務分別編報項目預算，經所在單位科研、財務部門審核并簽署意見后，由項目負責人（或申請人）匯總編制。
預算制項目的間接費用由依托單位統籌安排使用。依托單位應當建立健全間接費用的內部管理辦法，公開透明、合規合理使用間接費用，處理好分攤間接成本和對科研人員激勵的關系。績效支出安排應當與科研人員在項目工作中的實際貢獻掛鉤。依托單位可將間接費用全部用于績效支出，并向創新績效突出的團隊和個人傾斜。依托單位不得在間接費用以外，再以任何名義在項目資金中重復提取、列支相關費用。
【經費管理】對于數學等純理論基礎研究以外的預算制項目，間接費用比例核定要求？
預算制項目的間接費用一般按照不超過項目直接費用扣除設備購置費后的一定比例核定，并實行總額控制，具體比例如下：
（二）超過500萬元至1000萬元的部分為25%；
【經費管理】對于數學等純理論基礎研究的預算制項目，間接費用比例核定要求？
對于數學領域（指數理學部受理的代碼1為A01-A06的項目），間接費用一般按照不超過項目直接費用扣除設備購置費后的一定比例核定，并實行總額控制，具體比例如下：
（二）超過500萬元至1000萬元的部分為50%；
包干制項目資金由項目負責人自主決定使用，按照直接費用和間接費用的開支范圍列支，無需履行調劑程序。
【經費管理】預算制項目哪些預算調整需要報自然科學基金委審批？
預算制項目實施過程中，項目預算有以下情況確需調劑的，應當按相關程序報自然科學基金委審批。
（一）由于研究內容或者研究計劃作出重大調整等原因需要對預算總額進行調劑的；
預算制項目實施過程中，在項目預算額度不變的情況下，預算確需調劑的，按以下規定予以調劑：
（一）設備費預算如需調劑，由項目負責人根據科研活動的實際需要提出申請，報依托單位審批。依托單位應當統籌考慮現有設備配置情況、科研項目實際需求等，及時辦理調劑手續。
（二）勞務費、業務費預算如需調劑，由項目負責人根據科研活動實際需要自主安排。
（三）項目間接費用預算總額不得調增，依托單位與項目負責人協商一致后可調減用于直接費用。
【經費管理】項目資金管理使用過程中包含哪些禁止性行為？
（四）未按規定執行和調劑預算、違反規定轉撥項目資金；
（六）通過虛假合同、虛假票據、虛構事項、虛報人員等弄虛作假，轉移、套取、報銷項目資金；
（八）設置賬外賬、隨意調賬變動支出、隨意修改記賬憑證、提供虛假財務會計資料等；
（九）使用項目資金列支應當由個人負擔的有關費用和支付各種罰款、捐款、贊助、投資、償還債務等；
【經費管理】在科研活動中無法取得發票或財政性票據，如何解決？
對國內差旅費中的伙食補助費、市內交通費和難以取得發票的住宿費可實行包干制。對野外考察、心理測試等科研活動中無法取得發票或者財政性票據的，在確保真實性的前提下，可按實際發生額予以報銷。
【經費管理】國家自然科學基金項目資金與合作研究資金如何轉撥？
有多個單位共同承擔一個項目的，依托單位應當及時按資助項目計劃書和合同轉撥合作研究單位資金，并加強對轉撥資金的監督管理。
【決算編制】與國家自然科學基金項目決算編報相關的文件和規定有哪些？
財政部 國家自然科學基金委員會關于印發《國家自然科學基金資助項目資金管理辦法》的通知（財教〔2021〕177號）、《關于2022年度國家自然科學基金項目申請與結題等有關事項的通告》、《國家自然科學基金預算制項目決算表編制說明》、《國家自然科學基金包干制項目決算表編制說明》、《國家自然科學基金委員會關于結題項目結余資金的通知》（國科金財函〔2021〕20號）、《國家自然科學基金委員會關于國家自然科學基金項目經費管理相關事宜的通知》（國科金財函〔2021〕23號）等。
為鼓勵依托單位和科研人員合理合規使用項目資金，對2021年度結題的自然科學基金項目，其資助期滿時的資金結余比例不再作要求。科研人員應當按照科研活動需要，合理安排經費支出。依托單位應當動態監管資金使用并實時預警提醒，通過提醒督促科研人員按規定用好科研經費，既要避免突擊花錢，也要避免結余過多。
對2018年及以后年度結題的自然科學基金項目，已按規定留給依托單位使用的結余資金，不再執行兩年收回政策。依托單位應當將結余資金統籌安排用于基礎研究直接支出，優先考慮原項目團隊科研需求，并加強結余資金管理，健全結余資金盤活機制，加快資金使用進度。
【經費查詢】項目負責人如何查詢有關項目經費下撥等事宜？
項目負責人可在科學基金網絡信息系統的“查詢與統計”的“項目經費信息查詢”中查詢計劃撥款時間和撥款狀態等信息。
